La villa fu eretta nella prima metà del'500 su committenza del Cardinale Francesco Pisani, patrizio veneziano, Vescovo di Padova, quale sede amministrativa delle proprietà fondiarie acquisite dalla famiglia nel 1478 nella Bassa Padovana.
In seguito allo spostamento degli interessi economico-finanziari della famiglia in terraferma, il nobile Patrizio veneziano commissionò ad Andrea Palladio e ai maggiori architetti e pittori del tempo la costruzione e la decorazione di numerose ville e palazzi nella zona, tra cui il Palazzo di Montagnana e quello di Monselice.